Sedimenttoevoer
De aanvoer van sediment naar de waterlopen veroorzaakt een aanzienlijke en versnelde sedimenttoename in de waterlopen. De sedimenttoevoer vormt een probleem voor de afvoercapaciteit, de (ecologische) (water)kwaliteit en de scheepvaart. Het aangevoerde sediment vormt vooral een probleem voor de waterkwaliteit doordat het het water troebeler maakt en doordat er vaak veel nutriënten en polluenten (pesticiden, zware metalen, PAK’s) aan gebonden zijn, die zo in de waterloop terechtkomen. Deze zwevende stof deeltjes stapelen zich ook op in de waterbodem, waardoor deze vaker moet geruimd worden en/of vervuild geraakt.
Bodemerosie
De sedimenttoevoer naar de waterloop wordt in het Leiebekken vooral veroorzaakt door bodemerosie. In 2018 erodeerde zo 194.103 ton bodemmateriaal, waarvan 52.730 ton terecht kwam in de waterlopen en grachten, en 1.589 ton in de riolering.
Door de aanwezigheid van zandleembodems en veel akkers in combinatie met grote reliëfverschillen is de bodemerosie een belangrijk probleem in het Leiebekken. De erosieproblemen situeren zich voornamelijk in regio Heuvelland, de noordwestelijke erosiegordel (Ieper, Zonnebeke, Staden, Hooglede, Lichtervelde, Ardooie, Pittem en Tielt) en de zuidoostelijke erosiegordel (Kortrijk, Zwevegem, Anzegem, Wortegem-Petegem en Kruisem). Waterlopen die onder invloed staan van erosie zijn voornamelijk de Douvebeek, Geluwebeek, Heulebeek, Mandel en Slijpbeek.
Vooral tijdens hevige zomeronweders kan afspoeling van sediment (bodemerosie) leiden tot modderoverlast. Deze modderstromen kunnen zorgen voor wateroverlast en schade aan bewoning, landbouw en rioleringen. Zo hadden bijvoorbeeld het centrum van Slypskapelle en het centrum van Wulvergem te kampen met modder tijdens de hevige regenval in 2016.
Alle erosiegevoelige gemeenten in het Leiebekken hebben een erosiebestrijdingsplan, en zijn, meestal met de hulp van erosiecoördinatoren, bezig met de uitwerking en aanleg van erosiebestrijdingsmaatregelen, maar dit verloopt vaak traag. Ook de bedrijfsplanners van VLM zijn actief in het bekken.
Lozingen
Ook huishoudelijke (overstorten, effluent RWZI, niet aangesloten huizen) en industriële lozingen kunnen grote hoeveelheden zwevende stof bevatten.
Jarenlange huishoudelijke lozingen hebben voor een dikke sliblaag gezorgd in bijvoorbeeld de Neerbeek.