Sedimenttoevoer
De aanvoer van sediment naar de waterlopen veroorzaakt een aanzienlijke en versnelde sedimenttoename in de waterlopen. De sedimenttoevoer vormt een probleem voor de afvoercapaciteit, de (ecologische) (water)kwaliteit en de scheepvaart. Het aangevoerde sediment vormt vooral een probleem voor de waterkwaliteit doordat het het water troebeler maakt en doordat er vaak veel nutriënten en polluenten (pesticiden, zware metalen, PAK’s) aan gebonden zijn, die zo in de waterloop terechtkomen. Deze zwevende stofdeeltjes stapelen zich ook op in de waterbodem, waardoor deze vaker moet geruimd worden en/of vervuild raakt.
Bodemerosie
De sedimenttoevoer naar de waterloop wordt in het Denderbekken vooral veroorzaakt door bodemerosie. In 2018 erodeerde zo 239.373 ton bodemmateriaal, waarvan 47.921 ton terecht kwam in de waterlopen en grachten, en 5.860 ton in de riolering.
Door de aanwezigheid van leembodems in combinatie met grote reliëfverschillen is de bodemerosie een belangrijk probleem in het zuiden van het Denderbekken. In het zuidelijke leemgebied zijn erosiewaarden van meer dan 20 ton/ha per jaar zeker geen uitzondering. Erosieproblemen doet zich voornamelijk voor in het Pajottenland (Beverbeek, Arebeek, Scheibeek, Wolfputbeek, Keurebeek), en in de Vlaamse Ardennen (Molenbeek-Terkleppebeek, Larebeek, Ophasseltbeek).
Vooral tijdens hevige zomeronweders kan afspoeling van sediment (bodemerosie) leiden tot serieuze modderoverlast. Vooral in het zuiden van het bekken, maar ook in de vlakkere regio's zorgen deze modderstromen voor wateroverlast en schade aan bewoning, landbouw en rioleringen. Zo stonden vele straten in Geraardsbergen, Dilbeek en Merchtem onder de modder tijdens recente zomeronweders.
Alle erosiegevoelige gemeenten in het Denderbekken hebben een erosiebestrijdingsplan, en zijn, meestal met de hulp van erosiecoördinatoren, bezig met de uitwerking en aanleg van erosiebestrijdingsmaatregelen, maar dit verloopt vaak traag. Ook de bedrijfsplanners van VLM zijn heel actief in het bekken.
Lozingen
Ook huishoudelijke (overstorten, effluent RWZI, niet aangesloten huizen) en industriële lozingen kunnen grote hoeveelheden zwevende stof bevatten.