Sedimenttoevoer
De aanvoer van sediment naar de waterlopen veroorzaakt een aanzienlijke en versnelde sedimenttoename in de waterlopen. De sedimenttoevoer vormt een probleem voor de afvoercapaciteit, de (ecologische) (water)kwaliteit en de scheepvaart. Het aangevoerde sediment vormt vooral een probleem voor de waterkwaliteit doordat dit het water troebeler maakt en doordat er vaak veel nutriënten en polluenten (pesticiden, zware metalen, PAK’s) aan gebonden zijn, die zo in de waterloop terechtkomen. Deze zwevende stofdeeltjes stapelen zich ook op in de waterbodem, waardoor deze vaker moet geruimd worden en/of vervuild raakt.
Bodemerosie
Bodemerosie is een relatief beperkt probleem in het bekken van de Gentse Kanalen en komt vooral voor in de meer reliëfrijke gebieden in het oosten (Molenbeek, Belselebeek) en westen van het bekken (Poekebeek). In 2018 erodeerde 58.010 ton bodemmateriaal, waarvan 24.328 ton terecht kwam in de waterlopen en grachten, en 211 ton in de riolering.
Vooral tijdens hevige zomeronweders kan afspoeling van sediment (bodemerosie) leiden tot modderoverlast, waardoor wateroverlast, schade aan woningen, landbouw, riolering en het wegdek wordt veroorzaakt.
Alle erosiegevoelige gemeenten in het bekken van de Gentse Kanalen hebben een erosiebestrijdingsplan, en zijn, meestal met de hulp van erosiecoördinatoren, bezig met de uitwerking en aanleg van erosiebestrijdingsmaatregelen, maar dit verloopt vaak traag. Ook de bedrijfsplanners van VLM zijn heel actief in het bekken.
Lozingen
Ook huishoudelijke (overstorten, effluent RWZI, niet aangesloten huizen) en industriële lozingen kunnen grote hoeveelheden zwevende stof bevatten.
Jarenlange huishoudelijke lozingen hebben bijvoorbeeld voor een dikke sliblaag gezorgd in de Oude Kale en de Vlietbeek.