Sedimenttoevoer
De aanvoer van sediment naar de waterlopen veroorzaakt een aanzienlijke en versnelde sedimenttoename in de waterlopen. De sedimenttoevoer vormt een probleem voor de afvoercapaciteit, de (ecologische) (water)kwaliteit en de scheepvaart. Het aangevoerde sediment vormt vooral een probleem voor de waterkwaliteit doordat het water troebeler maakt en doordat er vaak veel nutriënten en polluenten (pesticiden, zware metalen, PAK’s) aan gebonden zijn, die zo in de waterloop terechtkomen. Deze zwevendestof deeltjes stapelen zich ook op in de waterbodem, waardoor deze vaker moet geruimd worden en/of vervuild raakt.
Bodem- en oevererosie
Geen enkele gemeente binnen het bekken van de Brugse Polders is erosiegevoelig. Bodemerosie komt in de zandstreek slechts verspreid en sporadisch voor op hellende akkers. Gevallen van plaatselijke bodemerosie treft men aan op de cuesta van Oedelem (regio Maldegem-Knesselare) en langsheen de Moubeek (Zedelgem). In 2018 erodeerde 59.382 ton bodemmateriaal, waarvan 23.661 ton terecht kwam in de waterlopen en grachten, en 249 ton in de riolering.
De sedimenttoevoer naar de waterloop wordt in het bekken vooral veroorzaakt door oevererosie. Enerzijds is het een natuurlijk dynamisch proces waarbij overs op de bovenlopen eroderen en waarbij het sediment afwaarts wordt afgezet. Anderzijds wordt dit proces in de hand gewerkt op plaatsen waar akkers te dicht tegen de waterloop aan zijn bewerkt of waar grachten met herbiciden zijn bewerkt. Sedimentexport is het grootst in het afstroomgebied van de Rivierbeek.
Lozingen
Ook huishoudelijke (overstorten, effluent RWZI, niet aangesloten huizen) en industriële lozingen kunnen grote hoeveelheden zwevende stof bevatten. Jarenlange huishoudelijke lozingen en overstortwerking hebben bijvoorbeeld voor een dikke sliblaag gezorgd in de Paulusvaart. Deze historische vervuiling werd in 2019 weggewerkt.