Structuurkwaliteit
In het bekken van de Gentse Kanalen is de structuurkwaliteit (hydromorfologische kwaliteitswaardering (EKC)) van de waterlichamen ontoereikend tot matig. Geen enkel waterlichaam heeft een goede, zeer goede of slechte structuurkwaliteit. De deelmaatlatten profiel, bedding en alluviale processen worden bijna altijd als ontoereikend of slecht beoordeeld.
De meeste bevaarbare waterlopen zijn kunstmatig van oorsprong of werden rechtgetrokken in het verleden. De deelmaatlatten profiel en bedding van de meeste bevaarbare waterlopen is slecht. Ook de oeverstructuur van de meeste bevaarbare waterlopen wordt als ontoereikend tot slecht beoordeeld met uitzondering van de Moervaart (goed) en het Leopoldkanaal (zeer goed). Longitudinale connectiviteit van de meeste van deze waterlopen is goed tot zeer goed met uitzondering van het Kanaal Gent-Oostende, Coupure, Verbindingskanaal (matig). De globale structuurkwaliteit van alle bevaarbare waterlopen wordt als ontoereikend beoordeeld.
Ook de meeste Vlaamse oppervlak 1e orde (Zwartesluisbeek, Brakeleiken en Lieve, Oude, Nieuwe Kale, Poekebeek, Zuidlede, Merebeek/Borisgracht, Avrijevaart) werden in het verleden aangepast door de mens (oevers verstevigd, rechtgetrokken,…) of zijn kunstmatig van oorsprong. De globale structuurkwaliteit wordt ontoereikend tot matig beoordeeld. Opvallend is de deelmaatlat oever die voor de meeste van deze waterlopen goed tot zeer goed wordt beoordeeld, behalve voor de Isabellewatering en Avrijevaart. Ook de longitudinale connectiviteit is meestal goed tot zeer goed behalve voor de Zwartesluisbeek (ontoereikend) en de Isabellawatering en Nieuwe Kale (matig).
Een soortgelijk beeld zien we bij de kleinere lokale waterlichamen 1e orde die ontoereikend of matig scoren. Opnieuw is de deelmaatlat oever voor de meeste van deze waterlopen goed tot zeer goed.