Structuurkwaliteit
In het bekken van de Brugse Polders is de structuurkwaliteit (hydromorfologische kwaliteitswaardering (EKC)) van de meeste waterlichamen ontoereikend. Enkel de Rivierbeek-Hertsbergebeek scoort goed. Vele trajecten zijn gespaard gebleven van rechttrekingen en oeververstevigingen. De beekvallei valt op door het kronkelend karakter van de waterlopen met begeleidende bomenrijen.
Een minderheid scoort matig en dat zijn vooral laaglandbeken (Hertsbergebeek-Getebeek, Poversbeek, Moubeek, Kerkbeek, Lijsterbeek, Keutelbeek). De ontoereikende deelscores voor bedding (dood hout, sedimentbanken, waterplanten) en alluviale processen liggen hier vooral aan de basis tot het niet halen van een goede structuurkwaliteit.
Voor de Vlaamse waterlichamen gaat het vooral over kunstmatige en sterk veranderde waterlichamen die ontoereikend scoren: Schipdonkkanaal, Kanaal Gent-Oostende, Leopoldkanaal, Blankenbergse Vaart-Noordede, Zwinnevaart, Kerkebeek, en Zuidervaartje. De deelparameters bedding en profiel scoren het slechtst.
Van de lokale waterlichamen zijn er ook natuurlijke waterlichamen die ontoereikend scoren: Ronselarebeek, Lisseweegse Vaart, Schellevliet, Hoofdsloot en Sint-Trudoledeken. Deze waterlichamen hebben een goede laterale en longitudinale continuïteit doch scoren vooral slecht voor de deelparameters bedding, profiel en alluviale processen.
Eén sterk veranderde polderwaterloop, de Kalsijdeader scoort slecht.